La Coordinación Pastoral depende directamente de la Dirección General y coordinación permanente con las Coordinación Académicas.

Son funciones de la Coordinación de Pastoral:

a) Servir, animar, planificar, organizar, coordinar, ejecutar, supervisar y evaluar las actividades y proyectos de Pastoral Educativa de la IEP.
b) Intensificar la experiencia religiosa de los alumnos, propiciando el seguimiento más adecuado a sus necesidades de formación en la fe.
c) Promover la integración de los docentes en las acciones de pastoral de la IEP. favoreciendo la vivencia concreta de su comportamiento cristiano.
d) Fomentar la participación de los ex –alumnos en el trabajo de Pastoral de la IEP.
e) Promover en toda acción y gestión la fraternidad en toda relación humana y toda actividad académica, cívica, religiosa y de promoción comunal.